2月10日，中科紅旗貼出清算公告，稱由於經營發生嚴重困難，董事會於12月13日決議即日解散公司，並成立清算委員會進行清算。公司與全體員工的勞動合同也在即日起終止。
中科紅旗是早在2004年就宣布主營業務實現盈利，但2013年4月，中科紅旗核心管理層就向員工告知，稱公司遭遇資金困難，工資無法完全到賬。此外，因為長期拖欠物業租金，中科紅旗在12月就被紫金大廈的物業停供水電。
這家中科院軟件所牽頭、成立於2000年的國內著名Linux操作系統軟件開發企業為什麼會突然倒下?網易科技的這篇報道，借中科紅旗員工在Linuxeden開源社區上的公開信——《中科紅旗路在何方?》，做了復盤：
矛盾焦點：中科院軟件所專項資金不到位
在2010年的核高基重大轉型競標中，中科紅旗承擔了“通用桌面操作系統研發及產業化”主要課題，並和中科方德(另一家軟件所子公司)聯合承擔了4個子課題。按照核高基的規定，政府下撥專項課題專項資金的同時，企業和地方政府需要匹配相近的資金。
但是公開信指責中科院軟件所在2010年後，未兌現承諾支付國家核高基項目專項配套資金，導致中科紅旗資金鏈斷裂。為此，部分員工一度自行墊付業務費用，還在2013年12月30日，在工信部大院門前拉起了維權橫幅，公開指責中科院軟件所無視員工死活，要求中科院軟件所“歸還”中科紅旗 “核高基”專項資金。
在紅旗員工的角度來看，中科院當初承諾將幫助紅旗補足自籌資金，但最後沒有履行承諾才是公司資金問題的原因。
2014年1月，中科院軟件所發布了《關於中科紅旗情況的聲明》說，2009年軟件所曾聯合中科紅旗、中科方德，成立了“核高基”項目總體部。但是中科紅旗2010年退出總體部。軟件所認為，為中科紅旗配套資金的前提條件不復存在，因此也沒有必要為其配套資金。
中科院研究所認為，軟件所當時承諾不是商業擔保，“補齊”是用於完成核高基項目的專款，即便中科紅旗不退出軟件所總體部，也應由軟件所總體部統一調配，“這個承諾既不是對中科紅旗的增值承諾，也不是對中科紅旗的欠款依據，況且在前提條件改變後，軟件所已經不需要再承擔為中科紅旗補齊配套資金的責任和義務。”
同時，中科院稱，紅旗的每年市場收入不超過1000萬元，而2010年和2011年的收入主要來自核高基項目，在2012年下半年，核高基項目資金用盡才出現資金鏈斷裂問題。軟件所認為中科紅旗目前的問題是經營造成的。
隨著資金鏈完全斷裂，公司員工紛紛辭職，2月10日，中科紅旗股東達成一致，解散公司進入清算程序，公司運營告一段落。
即便無沖突，中科紅旗也拿不出應當自付的4000萬元?
對於中科紅旗的倒下，整個軟件從業者的輿論分為兩類，一個是紅旗員工或有深入合作關系的伙伴，他們除了表示遺憾外，多數認為紅旗的產品實際上是高過國內其他很多產品的，而且品牌、業務和市場，都不該是今天的樣子。
而另一類觀點則是產業鏈其他從業者的普遍觀點，就是認為紅旗Linux是保護下的企業，市場競爭能力不強，核心問題還是產品問題。
拋開核高基的資金問題。由於軟件所是大股東，其公布的紅旗多年1000萬左右的市場營收數據相對可信，而按照這個數據，紅旗十多年的發展離不開各種補貼和專項基金。
在核高基的規定中，政府、地方、企業的資金配套是1:1:1，在一份4000萬的專項資金中，紅旗也要拿出4000萬做相關項目，而按照以往的市場收入，這份自籌資金很可能就是不能承受之重。
從中科院成立開始，自主研發計算機、自主芯片的龍芯、操作系統的紅旗等，再到服務器中的曙光等企業，中科院系的一系列企業在承擔著計算機革命的底層自主技術的競爭能力，但在PC時代的霸主intel都在在下滑的同時，Linux的市場情況只會更差。
