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Linux教程網 >> Linux基礎 >> Linux教程 >> RedHat Linux系統Gaussian高斯的安裝與出錯信息

RedHat Linux系統Gaussian高斯的安裝與出錯信息

日期:2017/2/28 16:23:44   编辑:Linux教程

以下安裝方法在32位或64位的Red Hat Enterprise Linux操作系統測試過,適用的高斯版本為Gaussian 03 C02 for PC-Linux-IA32 以及g03e01-em64t等。

一.將g03d02.tar.gz解壓到 /home/userid/ 下,得到/home/userid/g03文件夾(其中userid為當前用戶名)。解壓縮的命令為:tar zxvf g03_c02_lin.taz

二.在Linux系統中安裝Gaussian03
1.在/home/userid/g03/下建立scratch文件夾作為保存臨時文件的目錄。

2.打開bashrc文件。方法為:
打開終端,輸入命令為vi /home/userid/.bashrc

3.在.bashrc文件末尾加入以下語句並保存:

# for Gaussian.03.C02
G03ROOT=/home/userid/g03
GAUSS_EXEDIR=$G03ROOT
GAUSS_SCRDIR=/tmp/userid/g03
LD_LIBRARY_PATH=$G03ROOT/:$LD_LIBRARY_PATH
PATH=$G03ROOT/:$PATH
export G03ROOT GAUSS_EXEDIR GAUSS_SCRDIR LD_LIBRARY_PATH PATH


說明:
G03ROOT定義為g03解壓縮後的根目錄,也就是g03、l502.exe等一大堆可執行程序所在的目錄;
GAUSS_EXEDIR為gaussian可執行程序的路徑,通常和G03ROOT相同;
GAUSS_SCRDIR為存放臨時文件的目錄,所在的硬盤空間應當比較大,一般需要在根目錄tmp或scratch下創建自己的子目錄,故也可設置為/home/userid/g03/scratch;
LD_LIBRARY_PATH定義gaussian運行需要的一些庫函數所在的位置,一般同G03ROOT;
PATH也是gaussian可執行程序的路徑,但功能和GAUSS_EXEDIR變量不同。它是一個系統變量,定義了以後,無論何處運行gaussian03,只要輸入“g03”就可以了,免去了輸入絕對路徑的麻煩。
在安裝的時候用戶通常只需要修改G03ROOT和GAUSS_SCRDIR路徑。
如果shell是csh,編輯.cshrc文件,變量的定義類似,但是用setenv而不是export,格式為:setenv 變量名賦值

注:如果不知道怎麼編輯vi,可以在進入之後按“i”,然後將上述語句粘貼到末尾,完畢之後按ESC鍵結束編輯返回命令狀態。在此狀態下輸入“:x”或“:wq”並回車即可保存並退出.bashrc文件的編輯。

4.自動退回到終端命令行模式下後,輸入“bash”,如果不提示錯誤一般就表示設置成功了。

三、運行Gaussian03的方法

打開終端,cd到存放輸入文件的目錄,輸入“g03 test.gjf &”後回車即可運行,注意要輸入後台操作符“&”。

安裝完高斯gaussian運行後的錯誤提示及可能的解決方法

1.出現“cannot execute binary file”的錯誤提示
很有可能安裝的高斯版本與當前linux系統的位數不符合,比如64位的高斯裝在32位系統上就會出這樣的錯誤提示。也有可能是安裝文件錯誤或操作系統缺少某些庫。

查看當前RedHat Linux版本是32位還是64位的命令:
用getconf LONG_BIT,而非getconf WORD_BIT。32位模型下,一般是ILP32,即int,long,pointer都是32位長; 64位模型下,一般是LP64,即long,pointer是64位,而int可能還是32位,也可能是64。
此外,也可以使用命令“uname -a”或“uname -m”,若結果裡有i386或者i686則表示當前Linux系統是是32位的,若結果中有x86_64則表示是64位的。

2.“Probably out of disk space”錯誤提示
具體為:
Erroneous write during file extend. write 448 instead of 4096
Probably out of disk space.
Write error in NtrExt1: No such file or director
有可能是GAUSS_SCRDIR部分對應的臨時文件夾的權限有問題,用chmod 777 -R foldername 命令可以解決權限為題。另外,如果是Red Hat 的話,在root權限下輸入以下語句或者在/etc/rc.local文件末尾加入:
echo 0 > /proc/sys/kernel/randomize_va_space

3.no such file or directory
安裝完畢運行g03時出現了“bash:./userid/g03/g03/bsd/g03.profile:no such file or directriy”或者“g03 :commands is not found”的錯誤提示,有可能是沒有正確設置Gaussian的路徑。對照著重新設置,最後再重新source一下bash或csh文件。
另外,我還遭遇過這種情況:無法在/tmp/文件裡創建文件,原因是不知什麼時候被我把/tmp/userid/這個目錄刪除了。這是只要在/tmp/下新建一個具有讀寫刪除權限的名為userid的目錄即可解決問題。注意,這裡userid泛指當前登錄計算機的用戶名。

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