人們所以選擇Linux的又一個重要原因是在於它的UNIX兼容性。由於Linux是一套自由軟件，用戶可以無償地得到它及其源代碼，無償地獲得大量的應用程序，還可以任意地修改和補充它們。這對用戶學習、了解UNIX操作系統的內核非常有益。可以說Linux為廣大用戶提供了一個在家裡學習和使用UNIX操作系統的廉價的機會。
現在有了許多CD-ROM供應商和軟件公司對Linux操作系統的支持，Linux成為UNIX系統在個人計算機上的一個代用品。在用戶級，Linux與UNIX非常相似，可以說了解UNIX，就了解了Linux的大部分內容;在編程級，大多數應用程序只需要很少的工作就可以在Linux和UNIX間轉換。而且Linux也有意設計為與UNIX兼容，從而便於利用UNIX軟件的主體。Linux能夠很好地與其他UNIX機器相互操作，它使用了像RPC(遠程過程調用)和NFS(網絡文件系統)這樣的標准UNIX服務。Linux還繼承了UNIX的靈活性和可定制性，使其適合於廣泛的應用程序，包括適應於傳統的服務器和桌面應用程序，以及像嵌入式系統這樣的不常見的應用程序。
