Ubuntu 14.04 LTS下編譯安裝Open Babel和Python語言綁定

一、Open Babel簡介

Open Babel是一款開源自由軟件，使用Open Babel可以將一種文件類型化學結構轉換成另一種文件結構。當在工作中需要用到同一個結構不同類型的文件時非常好用。

二、Open Babel的安裝

由於沒有找到Open Babel的二進制包，所以只能通過源碼編譯安裝，Ubuntu 14.04 LTS下源碼編譯安裝需要經過一下步驟

1、准備工作

1. 下載源碼包，openbabel-2.3.1版本
   下載地址http://sourceforge.net/projects/openbabel/files/openbabel/2.3.1/openbabel-2.3.1.tar.gz/download
2. c++編譯器和cmake准備
   c++編譯器需要GCC 4以上版本或者MSVC++2008，或者Clang和Intel 11
   cmake需要CMake 2.4以上版本
3. 可選准備項
   由於我想要安裝Open Babel的python語言擴展，所以需要安裝Eigen 2和python-dev在ubuntu下可以使用包管理工具apt-get來安裝

$sudo apt-get install python-dev
$sudo apt-get install libeigen2-dev

2、編譯安裝

將下載好的源碼包解壓縮

$ tar -zxvf openbabel-2.3.1.tar.gz   # 這條命令將會創建一個名叫openbabel-2.3.1的文件夾
$ mkdir build
$ cd build

接下來要做的是cmake， 由於我要安裝Python擴展，所以我的cmake選項後有額外的參數

$ cmake ../openbabel-2.3.1 -DPYTHON_BINDINGS=ON    

這樣的話就會安裝python擴展了，按這條命令cmake之後你的openbabel最後會安裝在/usr/local/目錄下，所以最後需要超級權限，如果沒有可以在後邊加參數確定安裝位置

$ cmake ../openbabel-2.3.1 -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=~/openbabel -DCMAKE_BUILD_TYPE=DEBUG -DPYTHON_BINDINGS=ON   

上邊命令的意思是我要把openbabel安裝在home下openbabel目錄下， 同時安裝python擴展。
接下來就是make了

$ make
# 如果你的cpu是多核的，你可以使用多核加速編譯
$ make -j4
# 這條的意思是使用四個核同時make，速度會快不少哦，後邊數字要符合你自己的硬件

最後就是安裝了

$ sudo make install

由於我是默認安裝，所以需要超級權限，如果你是裝在home下可以直接make install

接下來我們在python中看看是否成功

如果沒有報錯就沒問題了，但是如果你出現了類似下邊的錯誤

那麼就需要你在你的.bashrc文件中聲明一個環境變量了

#open babel
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib

把上邊的語句添加到你的.bashrc文件中並且source一下就好了