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Linux教程網 >> Linux基礎 >> Linux教程 >> Ubuntu 16.04安裝Molcas(含DMRG模塊)

Ubuntu 16.04安裝Molcas(含DMRG模塊)

日期:2017/2/28 13:50:05   编辑:Linux教程

重新安裝的Ubuntu 16.04, 需要安裝Molcas(包含其中的DMRG【QCmauqis】模塊時)額外需要的軟件包/庫如下

1) 庫
apt-get install gfortran
apt-get install cmake

apt-get install python-dev
apt-get install python-numpy
apt-get install python-scipy
apt-get install python-matplotlib

apt-get install libhdf5-*

2) GSL
需要下載編譯,不過倒是很簡單 按步驟一步一步來即可
http://www.gnu.org/software/gsl/

依賴的庫全都配置好後,就可以編譯了

編譯之前,可以使用 ccmake ../ 再來調整一下配置
編譯的時候,個人使用以下的參數
export MKLROOT=/opt/intel/mkl/
CC=gcc FC=gfortran cmake -DLINALG=MKL -DOPENMP=ON -DDMRG=ON ../

編譯的過程中ALPS的程序庫,QCmaquis都是自動下載的。所以編譯過程中可能會稍微卡住一下,因為後台在下載兩者的代碼。
如果需要單獨的DMRG程序的時候,需要與QCmaquis的開發組聯系,很簡單 發個郵件就可以的
http://www.reiher.ethz.ch/software/maquis.html
鏈接速度在國內也是還是很快的 (我是在NJU用的,跟在ETH的時候沒有太大差別)

.bashrc配置可以參考以下
#Molcas and QCMaquis
source /home/yingjin/Chem_soft/Molcas_local_nongfu/V1/qcmaquis/bin/qcmaquis.sh
export PATH=/home/yingjin/Chem_soft/Molcas_local_nongfu/V1/alps/bin:/home/yingjin/Chem_soft/Molcas_local_nongfu/V1/qcmaquis/bin:$PATH
export PYTHONPATH=/home/yingjin/Chem_soft/Molcas_local_nongfu/V1/alps/lib:/home/yingjin/Chem_soft/Molcas_local_nongfu/V1/qcmaquis/lib/python/pyeval:/home/yingjin/Chem_soft/Molcas_local_nongfu/V1/qcmaquis/lib/python:$PYTHONPATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/yingjin/Chem_soft/Molcas_local_nongfu/V1/alps/lib:$LD_LIBRARY_PATH
#Molcas
export PATH=/home/yingjin/Chem_soft/Molcas_local_nongfu/V1/sbin:$PATH

(記錄一下 省著忘了還得看文檔...)

* 安裝完之後,如果采用cmake的話,可能會有以下問題
1)可能提示找不到molcas執行腳本
直接cp sbin/molcas.driver 到 molcas 然後 chmod +x molcas 就可以了
2)可能提示找不到molcas安裝路徑
~/.Molcas/molcas 裡面寫上安裝地址即可 其實molcas腳本裡面看看就知道怎麼回事了
3)可能提示warning.plx丟失
我的話,重新新建了個 放到安裝目錄的data裡面就可以的 具體的原因還得問問其他人

# this is auto generated file. Do not edit!

$_RC_GROUP_AND_= 240;
$_RC_GROUP_INTERNAL_= 64;
$_RC_GROUP_WARNING_= 80;
$_RC_GROUP_ERROR_= 96;
$_RC_GROUP_USER_ERROR_= 112;
$_RC_GROUP_CRITICAL_= 128;
$_RC_ALL_IS_WELL_= 0;
$_RC_JOB_KILLED_= 1;
$_RC_CONTINUE_LOOP_= 64;
$_RC_INVOKED_OTHER_MODULE_= 65;
$_RC_CONTINUE_UNIX_LOOP_= 66;
$_RC_CHO_DUM_= 67;
$_RC_EXIT_= 68;
$_RC_EXIT_EXPECTED_= 69;
$_RC_DO_TASKS_= 70;
$_RC_GENERAL_WARNING_= 80;
$_RC_NOT_CONVERGED_= 96;
$_RC_TIMEOUT_= 100;
$_RC_INPUT_ERROR_= 112;
$_RC_INPUT_EMIL_ERROR_= 113;
$_RC_LICENSE_= 114;
$_RC_CHO_INP_= 115;
$_RC_CHECK_ERROR_= 116;
$_RC_INSTALL_ERROR_= 117;
$_RC_INTERNAL_ERROR_= 128;
$_RC_EXTERNAL_TERMINATION_=129;
$_RC_GENERAL_ERROR_= 130;
$_RC_FLOATING_EXCEPTION_= 134;
$_RC_EXTERNAL_TERM_= 137;
$_RC_MEMORY_ERROR_= 139;
$_RC_IO_ERROR_WRITE_= 161;
$_RC_IO_ERROR_READ_= 162;
$_RC_CHO_MEM_= 163;
$_RC_CHO_INI_= 164;
$_RC_CHO_LOG_= 165;
$_RC_CHO_RUN_= 166;

更多Ubuntu相關信息見Ubuntu 專題頁面 http://www.linuxidc.com/topicnews.aspx?tid=2

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