常言道：“工欲善其事，必先利其器”。國內多數計算機用戶使用的都是Windows操作系統，甚至連科研單位也在所難免。出現這樣的情況原因很多，對於一個Bio-technician而言，離不開Win的一個很大的原因是所用的專業軟件運行平台離不開它。實際上，很多科研軟件都是先有*nix版本的，或者有些就只有那些版本。本人之前也一直很痛苦在Ubuntu上用不了DANMAN（在Ubuntu 8.04的時侯我Wine過，但Ubuntu 9.04時侯就完全用不了了）。其實，Ubuntu的源裡面就有很多這樣的軟件。
命令：
yuanjin@yuanjin-laptop:~$ apt-cache DNA >DNA.txt
//根據軟件的描述來搜索關鍵詞“DNA”，返回的結果輸出到文本DNA.txt
yuanjin@yuanjin-laptop:~$ gedit DNA.txt
//用gedit打開文本DNA.txt後就可以根據自己需要尋找軟件了。
PS：返回的結果中有部份可能會與DNA毫無關系，但是搜索到的東西比新德立軟件管理器中搜到的多多了。
附－篩選過之後的搜索結果（搞我們這行的，估計這些外文都不是問題了，有興趣自己看。重點推薦Ugene這款功能相對強悍的整合軟件工具包，訪問主頁）。
boxshade - Pretty-printing of multiple sequence alignments
dialign - Segment-based multiple sequence alignment
dialign-tx - Segment-based multiple sequence alignment
exonerate - generic tool for pairwise sequence comparison
fastdnaml - Tool for construction of phylogenetic trees of DNA sequences
last-align - genome-scale comparison of biological sequences
maq - maps short fixed-length polymorphic DNA sequence reads to reference sequences
melting - computing the melting temperature of nucleic acid duplex
mummer - Efficient sequence alignment of full genomes
ncbi-epcr - Tool to test a DNA sequence for the presence of sequence tagged sites
plink - whole-genome association analysis toolset
primer3 - Tool to design flanking oligo nucleotides for DNA amplification
sibsim4 - align expressed RNA sequences on a DNA template
sigma-align - Simple greedy multiple alignment of non-coding DNA sequences
sim4 - tool for aligning cDNA and genomic DNA
t-coffee - Multiple Sequence Alignment
tigr-glimmer - Gene detection in archea and bacteria
ugene - integrated bioinformatics toolkit
ugene-data - required data for UGENE - integrated bioinformatics toolkit
wise - comparison of biopolymers, commonly DNA and protein sequences
wise-doc - documentation for the wise package
clustalw - global multiple nucleotide or peptide sequence alignment
molphy - Program Package for MOLecular PHYlogenetics
