Ubuntu Linux的發行版本有Ubuntu（安裝gnome桌面環境）、Kubuntu（安裝kde桌面環境）、Xubuntu（安裝xfce桌面環境）、Edubuntu（面向年輕人和學生用戶的版本，安裝gnome桌面環境）、goubuntu等。
用Wubi可以輕松地完成以上各版本Linux（除goubuntu）和UbuntuStudio的安裝。安裝了以上各版本的Ubuntu之一的用戶如果想用一其他的桌面環境，可以下載各桌面環境的安裝包單獨安裝，在登錄時選擇要登錄的桌面環境。但是能不能同時安裝多個Linux系統呢？答案是肯定的。下面以已經安裝了Ubuntu的情況下再安裝Kubuntu為例說明如何用Wubi同時安裝多個Linux系統。
首先，修改C:\wubi\disks\system.virtual.disk的的名字（如改為ubuntu.virtual.disk），重新安裝桌面環境選擇Kubuntu
安裝完成後，進入Window系統再修改C:\wubi\disks\system.virtual.disk的名字（如改為kubuntu.virtual.disk），現在就有C:\wubi\disks\ubuntu.virtual.disk、C:\wubi\disks\kubuntu.virtual.disk兩個虛擬磁盤了。接下來編輯C:\wubi\boot\grub\menu.lst：
找到hiddenmenu選項，在前面加一個“#”字號，在啟動時就會顯示選擇菜單。
再找到timeout選項，設置啟動默認選項前的等待時間。
