從操作系統的層面來看，這兩種操作系統都分為kernel（內核）、shell（命令層）和file system structure（文件系統架構）三個層面，因此我們就這三個層面來做比較：
kernel
各家UNIX都有獨立的內核研發團隊，並且多數是不開放源代碼的，這與Linux的kernel是不同的。
shell
常見的shell包括bash、C shell和korn shell等。在不同的操作系統上使用相同的shell，會有相同的shell command。
file system structure
以file system的種類而言，各家UNIX與Linux所用的不盡相同（如Linux的ext4，Solaris的ZFS，IBM AIX的JFS等），但由於Linux是由UNIX改編而來，且遵循著FHS的准則，因此讀者會發現，雖然文件系統種類不同，但文件以及目錄的位置是類似的。
