新成立的Linux基金會所面臨的挑戰不僅僅在於法律方面，而且也在於制訂標准的具體細節方面。
通過采取一個更類似於微軟保護Windows的模型，Linux的堅實擁趸們正在准備展開下一階段與微軟的競爭。
兩個最重要的Linux支持組織，開源開發實驗室(Open Source Development Labs，OSDL)和自由標准組織(Free Standards Group ，FSG)近期表示，它們將在2007年的二月份合並成一個全新的組織--Linux基金會(the Linux Foundation)。
事實證明，Linux要發展就不能將其資源分化，包括投資、法律保護和標准等方面。Linux基金會的執行董事，也是自由標准組織的前領導人Jim Zemlin表示：“我們將是一個與廠商中立的組織，有能力根據競爭對手的攻擊來作出響應。”
廠商們並不想不斷的給兩個Linux組織付錢。OSDL正在虧損，在2004年它花光了成員繳納的820萬美元會費還沒夠，又多花了240萬美元。在2006年十二月份，OSDL又采取了裁員行動(參見《開源開發實驗室將何去何從？》 )。
新的Linux基金會贊助者包括HP、IBM、Intel、Novell和甲骨文公司，每家公司每年贊助50萬美元；AMD公司、思科和Sun公司每年贊助20萬美元；Red Hat公司每年贊助2萬美元。
Linux基金會將繼續提供Linux標准基礎，這是一個單調卻又必需的工作，它可以保持一些主要的Linux版本在系統功能上具有基本的一致性，因此應用程序可以運行在不同的Linux版本上。一個宣揚開放標准的組織Open Group的CEO Allen Brown表示：標准的分化是Linux所面臨的最大的風險之一。
Linux基金會將會在繼續資助Linux創始人Linus Torvalds工作的基礎上采用共享資源的策略(這一點與Linux本身的開源代碼發展途徑很類似)，以便在增強面向最終用戶、社團、開發人員和產業的市場的同時展開平台發展方面的合作。
讓Linux遠離法庭
法律保護將是新的組織的中心任務之一。在新的基金會中將繼續進行三方面的努力：開源的Prior Art項目以防范專利挑戰；專利共同體計劃，讓公司可以共享使用專利；2004年由開源開發實驗室發起的Linux法律防御基金，每年支出1000萬美元給Linux用戶和開發者，以幫助他們進行知識產權方面的斗爭。
Zemlin表示，微軟花了很多錢來保護其Windows操作系統，我們也將做同樣的事情。
Linux的法律問題在2003年3月達到了高潮，當時SCO集團將IBM訴諸於法庭，聲稱IBM共享了SCO所擁有的代碼給Linux內核。盡管 SCO繼續堅持它的言論，但相關的案件卻已經以敗訴告終。Novell在2006年與微軟簽訂了一個協議，以保護它免於受到微軟的法律訴訟，可以說專利權問題依然在威脅著Linux用戶。
盡管開源開發實驗室也具有法律保護功能，卻因為缺少熱心的會員而陷入了財政問題。它所致力於的推動和營銷Linux的最初目標已經在很早以前就完成了。由於自由標准組織(Free Standards Group ，FSG)致力於制定Linux標准，開源開發實驗室長期以來主要是研究一些諸如桌面級和電信級的Linux項目。
Zemlin沒有說明Linux基金會將繼續支持哪些項目，只是說大多數將繼續。
Linux基金會可以尋找新的問題做為發展的動力。分析師Jay Lyman表示：在維護操作系統向後兼容方面上存在一個挑戰，對企業來說這是一個非常關鍵的技術要求。Jay Lyman在一個報告中表示：“這個問題也恰恰說明了為什麼需要一個單獨的實體和一系列的標准。”
新的Linux基金會得到了來自大多數關鍵廠商的支持。Lyman表示，Red Hat最後決定成為提供每年2萬美元的“銀牌”合作伙伴，可能僅僅是出於成本考慮，或者缺少熱情。而沒有直接加入的則是Canonical，也就是現在已經逐漸開始普及的Ubuntu Linux的制作公司。
作為業界一個新的領導組織，Linux基金會的一個重要任務就是確保其會員可以和諧相處，共同發展。
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