Ubuntu 11.04 下安裝R

方法1

在Ubuntu軟件中心搜索 r-base 直接安裝

或者

添加源，然後通過apt-get安裝：

1. sudo apt-get install r-base

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方法2

下載R的源碼包（http://www.r-project.org/），比如：R-2.13.0.tar.gz

解壓：

1. tar -zvxf R-2.13.0.tar.gz

配置：

1. cd R-2.13.0
2. ./configure --prefix=/home/xxx/R --enable-R-shlib

prefix設置R的安裝路徑，enable-R-shlib可以保證lib目錄下的動態庫能夠共享

如果提示G77錯誤

1. sudo apt-get install build-essential
2. sudo apt-get install gfortran

如果提示錯誤：configure:error:--with-readline=yes(default)...

1. sudo apt-get install libreadline6-dev

如果提示錯誤：configure:error:--with-x=yes(default) and X11...

1. sudo apt-get install libxt-dev

安裝：

1. make
2. make install

link到bin目錄下：

1. cd /bin
2. sudo ln -sv /home/xxx/R/bin/R

至此安裝完畢。

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安裝pkg：

終端下輸入：R

1. source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
2. biocLite()

默認將安裝一下幾個包

affy affydata affyPLM

annaffy annotate Biobase

Biostrings DynDoc gcrma

genefilter geneplotter hgu95av2

limma marray matchprobes

multtest ROC vsn

xtable affyQCReport

如果需要Bioconductor上別的包的話，可以使用

biocLite(c("pkg1", "pkg2"))

如：

1. biocLite(c("copula", "pspline"))

安裝CRAN上的包

1. install.packages(c("pkg1", "pkg2"))

來安裝（pkg1和pkg2為需要安裝的包）。
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編輯器：

1.直接shell。終端輸入R，就進入R命令行了。

2.安裝GUI：Rcmdr

1. sudo apt-get install r-cran-rodbc
2. sudo apt-get install r-cran-rcmdr

運行R後，library(Rcmdr)就可以打開圖形界面。

3.用emacs

通過軟件中心搜索emacs ess直接安裝。打開emacs

M-x R

輸入R的路徑，就進入R編輯模式了。

emacs中可以用下面三條指令把正在編輯的程序文本送給R運行：

C-c C-n 當前行
C-c C-c 當前段
C-c C-b 當前整個文件