FreeBSD系統是一種安全性非常好的通用操作系統，在Internet上很少發生FreeBSD系統被攻擊的報告，事實上最近一端時間內CERT的安全報告中幾乎沒有發生在FreeBSD系統上的安全報告。一方面是因為 FreeBSD安全性很好，另一方面也是由於FreeBSD用戶對於系統安全比較了解的緣故。
與其他Unix系統相比，FreeBSD系統的傳統味道更足一些，設計者以追求完美的態度去完成每一種設計，穩定性和安全性就是其中的重要因素。因此，初始安裝好的FreeBSD系統已經具備比較高的安全性，一般用戶不需要特別設置，便具備了相當高的安全性。而且經過一些簡單的設置之後，安全性可以更高。一些商業操作系統軟件聲稱經過了某個安全認證，其實這些認證也只是保證最基本的安全性。當前的各種Unix版本（不包括較老的版本）經過一些設置工作，同樣也能達到通過測試目的，只是包括FreeBSD在內的自由軟件系統，沒有資金、也沒有必要去參加這類測試。
對系統安全要求更高，而又不打算自己調整系統設置的使用者，可以選擇另一種BSD Unix──OpenBSD ，它使用最大安全性的策略，其缺省設置中應用了大量的系統安全措施，也因為如此，它稍微難用一些。
