簡單說說，不做技術分析（主要是沒什麼技術），供大家參考，消遣。
眾所周知，這兩個系統都是出自一個老祖宗，就是UNIX了。
當然unix是非常非常穩定的，我想主要原因是當時還沒有3721一類的流氓插件，也沒有熊貓燒香。
總之當pc還沒有普及的時候，外部環境很單純，系統也很單純，自然不會有什麼問題。
Linux是由一個芬蘭大學生Linus基於UNIX開發的，他也不是一時閒得無聊沒妞泡，而是當時的AT&T與伯克利大學在BSD版權問題上發生了法律糾紛，導致BSD的源代碼不能自由使用。（注：BSD是Unix的衍生系統）
這樣Linux的內核就誕生了，所以雖然都是一個老祖宗但當Linux被放到了互聯網上的時候，事實上已經趨於不同。你可以用，可以改，可以賣，唯一的條件就是你得把改完後的代碼公布出來。所以Linux的孩童時代就是一些技術愛好者們的玩具，是堆砌出來的。就像IBM PC出現以前，個人電腦不過是電子愛好者們拼著玩的，不過喬布斯卻聞到了金錢的臭味，後來IBM也眼紅了，蓋茨也看到了$，這樣PC就誕生了，不過用的是老蓋的系統，當然蘋果機用的還是BSD系統。
這樣成長起來Linux注定是個時髦的玩意，大家都在努力使它更先進，更多新技術，性能更好，就像《四驅小子》裡面的那幫孩子，總是把最先進的技術，材料應用到四驅車上。
下面說FreeBSD，前面有提到BSD的版權官司，當然最後還是解決了，更多地滿足了伯克利的利益，不過使得伯克利的BSD開發告一段落了，最終版本是1995年的4.4BSD-Lite（lite就是因為官司的問題，不包含AT&T的源碼）。而後，幾種基於4.4BSD的套件（比如FreeBSD、OpenBSD和NetBSD）得以繼續。所以FreeBSD是純血馬，由專門的小組開發維護。
FreeBSD被廣泛評為最穩定的操作系統，因為比較單純就比較安全，穩定——不像女孩子，越單純越容易被騙，越不穩定（易情緒化，不懂事），服務多漏洞越多，問題越多。
而性能上Linux要好一些，雖然我沒有測試過（就算測試也是片面的，簡單的，說明不了什麼），但既然Linux是新技術應用的急先鋒（Red Hat Linux 5.0 已經支持虛擬機技術）
，當然新的要比老的性能強，否則也不會有一大幫人有錢就換個手機。在底層也是這樣的，比如磁盤讀取，內存管理，通訊協議等Linux更喜歡擁抱新技術，FreeBSD更多考慮到系統穩定性。
我的看法，針對個人站長，針對web服務器。
真的要那麼穩定嗎？yahoo是用FreeBSD，雅虎掛過幾分鐘。但看看個人網站一聲河蟹，掛倒一片，根本就不是系統原因。我們個人站和雅虎們不一樣，不用要求那麼苛刻，事實上掛個一天半天也是可以接受的，只要不是每個月都有那麼幾天不舒服的日子，就OK了。
linux和FreeBSD穩定上有差距，但不是你想像的那麼大，而且這些差距是表現在高負載上的，我用獨立服務器就是圖個空間大，帶寬充裕，生成，數據庫操作方便，平時的負載是很低的。
性能上也是一樣，百分之點幾的差距在3秒中內就可以下載完成的一個網頁上能看出什麼區別嗎？在執行時間0.00幾秒的腳本中能看出差距嗎？依然在高負載下才有些區別。
安全上，FreeBSD也是好一些，為什麼？FreeBSD安裝後系統就很純很好了，linux安裝後是需要一番設置的，linux就是玩出來的，所以你也要玩才行，去掉不必要的服務，禁用一些功能，控制權限。在抗攻擊上，FreeBSD好一些，可能是內核原因吧，但抗攻擊主要是要有個好牆，軟牆的話看你規則配置怎樣，硬牆看IDC是不是誠實，然後看帶寬了（這句是廢話）。
其他，linux有更多人關注，回答你的問題，搜到答案的幾率也高，FreeBSD有非常好的手冊（包含中文），但關注低，搜到你想要答案的幾率當然也低。linux有中文圖形安裝界面，FreeBSD就算你照著手冊，不反復安裝10幾遍是不會熟悉的，如果你英文非常好，這些就都不是問題了。
對於新手，懶人，裝FreeBSD更好一些，雖然安裝麻煩一些，但安裝後基本不用太多設置，而且FreeBSD的包管理是一流的，使得安裝程序，配置環境非常容易。
有些基礎的，可以用linux，自由定制環境更方便。上網找找別人的經驗，配置一下安全也不難，日後維護也有許多資料可以查。linux用起來更方便些，比如vi文本編輯器，用退格就可以刪除，FreeBSD的要用D來刪除，諸如此類。linux的中文支持要比FreeBSD好，但服務器一般都是默認用英文環境，避免一些莫名其妙的問題。
虛擬主機服務商的話FreeBSD負載更好一些，但好像管理軟件不好弄，其實win更好一些，有盜版的軟件，還可以配置全能空間。
最簡單的無疑是用win了，只要你不把服務器當家裡的電腦用，還是有保障的。
自己能接受的就是好的，不一定非要最好的，就像找老婆，如果要找最好的，注定要孤獨終老，女性亦然。
忘記說了，我用linux，CentOS，我喜歡定制，用喜歡用的版本，不裝用不上的功能、模塊，安裝到我規劃的位置，這方面linux更好一些。
