1.系統配置
CPU --- AMD athlon 1G；AMD athlon 1.1G
RAM --- SDRAM 768M；DDR 256M
OS --- RedHat linux 7.3，2.4.18
MPI --- mpich 1.2.4，http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich源碼下載
網絡 --- 100M realtek8139，百兆交換機
2.linux安裝
安裝過程就不多說了。唯一需要注意的是安裝時，要把SSH選為可信賴的服務。安裝以後， 應該保證各節點之間能夠用ssh相互登錄。每個節點的sshd都應該能正常提供服務。Redhat 7.x對各服務的控制其實是通過在ipchains裡面對各個端口進行訪問控制來實現的，而不是 使用tcp-wrapper的hosts.allow和hosts.deny文件來進行控制。如果安裝系統後，別的機器 無法用ssh登錄，則可以用ipchains -L命令查看ipchains rules，進行正確的配置，使得ssh 服務正常工作。若你對系統安全不是太在乎，則可以使用ipchains -F命令將所有的規則清空。
主機名：shallow sea
● 修改/etc/hosts文件，將所有節點名稱及其ip地址填入。例如：
211.64.128.129 shallow
211.64.128.217 sea
每個節點都進行類似的配置。這樣做的目的是使節點之間能夠通過shallow和sea的名稱相 互訪問。你可以通過ping noden 或 ssh noden進行測試。
● 修改(或創建)/etc/hosts.equiv文件
將所有你允許訪問本機進行mpi計算的機器名填入，一行一個機器名。這一步是為了使節點 對其它的節點放權。
例如，我的機器shallow的/etc/hosts.equiv文件是這樣的：
shallow #給自己放權，這樣在只有一台機器時也可以模擬並行計算環境
sea
在sea的/etc/hosts.equiv文件：
shallow #對shallow放權
sea
● 使用nfs共享文件
首先決定一個用於啟動集群計算的用戶名，不提倡使用root進行集群計算。這裡在每個節 點上建立新用戶mpi，他們的主目錄都是/home/mpi，假設用sea做為計算的服務節點，在sea 上建立~/mirror，修改文件/etc/exports，在其中增加一行： /home/mpi/mirror shallow(rw) sea(rw) 使得機器shallow和sea的用戶可以使用/home/mpi/mirror。 在其他節點shallow也建立/home/mpi/mirror，在/etc/fstab文件中增加一行： sea:/home/mpi/mirror /home/mpi/mirror nfs rw,bg,soft 0 0 這樣節點shallow即可使用mirror與sea共享文件。
● 修改~/.bash_profile文件
建議把將來計算程序放在相同的路徑上，當然也可以不放在同一個目錄下面，但是用起來比 較麻煩，需要一一指定每個節點程序的路徑。譬如你的程序為：fpi.f和a.out，把a.out放在 ~/mpi/mirror/下即可。 修改~/.bash_profile文件，主要是加入下列幾行腳本：
export PATH=$PATH:/usr/local/mpich/bin
export MPI_USEP4SSPORT=yes
export MPI_P4SSPORT=22
export P4_RSHCOMMAND=ssh
這裡我們預定了將來mpich的運行環境安裝在目錄/usr/local/mpich下面。其余的三個變量是 用來通知mpi運行環境采用ssh來作為遠程shell。
linux的運行環境到此就配置完畢了。
3.配置ssh
以設定的用於啟動mpi計算的用戶登錄，運行ssh-keygen –t dsa(SSH2)或是ssh-keygen(SSH1) –t rsa1，這將生成一個私有/公開密鑰對，分別存放在~/.ssh/id_dsa和~/.ssh/id_dsa.pub或是 ~/.ssh/identity和~/.ssh/identity.pub文件中。然後進行訪問授權，運行：
cp ~/.ssh/identity.pub ~/.ssh/authorized_keys
或是cp ~/.ssh/id-dsa.pub ~/.ssh/authorized_keys2
chmod go-rwx ~/.ssh/authorized_keys
或是chmod go-rwx ~/.ssh/authorized_keys2
ssh-agent $SHELL
ssh-add
在每個節點干一遍。
將所有節點的密鑰authorized_keys或是authorized_keys2收集起來，放到一個密鑰文件中， 然後分發到各個節點。這樣做的目的是使各節點相互之間訪問無需輸入密碼。在每個節點登 錄其它節點，ssh shallow，則在~/.ssh/下生成一個known_hosts文件，裡面記錄登錄用戶密鑰。
4.下載、編譯、安裝mpich 1.2.3
下載最新的mpich 1.2.4：
ftp://ftp.mcs.anl.gov/pub/mpi/mpich.tar.gz。拷貝到一個臨時目錄下， 我放在/home/mpi/mirror下了。 首先，用tar xvfz mpich.tar.gz解壓。生成mpich-1.2.4目錄。 切換到mpich-1.2.4目錄。
運行預處理：./configure -c++=pgCC -cc=pgcc -fc=pgf77 -f90=pgf90
-cflags="-Msignextend -tp athlon -DUSE_U_INT_FOR_XDR -DHAVE_RPC_RPC_H=1"
-fflags="-tp athlon" -c++flags="-tp athlon" -f90flags="-tp athlon"
-prefix=/usr/local/mpich -opt=-fast -rsh=ssh
我采用了Portland Group的編譯器，因此需要在預處理時指定使用的編譯器和常用的選項， -tp athlon為AMD athlon產生代碼。mpich的安裝位置為/usr/local/mpich，運行環境的遠程shell 為ssh。 -DUSE_U_INT_FOR_XDR -DHAVE_RPC_RPC_H=1在有的系統上不需要 有時候需要設置環境變量：
setenv LIBS "-L/usr/local/pgi/linux86/lib -lpgftnrtl -lpgc"
編譯：make
安裝：make install
修改件/usr/local/mpich/share/util/machines/machines.LINUX。指定可供集群計算的節點，我的是這個樣子的：
shallow
sea
若是多CPU計算機，需要在節點名稱後用:num加以說明。
每個節點都這樣干一遍。
5. 測試並行計算
以設定的用戶登錄(我的是mpi)sea，將mpich1.2.4/examples/basic/fpi.f文件拷貝到 ~/mpi/mirror下，編譯：
mpif77 fpi.f，生成a.out文件，運行：
mpirun -np 2 a.out
這裡采用2個節點進行計算。進行ssh連接後，程序等待輸入，這時可以在節點機上用命令：
ps -A | grep aout
查看進程，應該能看到數個fpi進程，其中第一個是本機所執行的進程，其它的是異地進程 鏡像。在sea上輸入一個整值，再次在各節點上執行
ps -A | grep a.out
可以發現計算時間在不斷增長，表明計算的確是在多台主機上同時進行的。 至此，整個安裝配置過程結束，如果有問題，多看看mpich手冊都可以解決。
