PDF文件一旦生成，再編輯就比較困難了。但仍一些軟件在一定程度上實現了這一功能。最常見的對PDF愛論文的修改就是為其添加批注，在Linux中，Xournal和Okular都可以實現這一功能，但注意前者可以將修改後的結果存成一個新的PDF，而後者只能將修改與PDF文件分開存放。
Xournal是一款類似於Windows中Windows Journal、Jarnal的筆記記錄軟件，它是免費的，且可應用於Linux環境中。
Xournal還可用於為PDF添加批注（Annotation），將修改的結果再保存為PDF文檔，如果使用方便手寫的平板電腦，這一功能相當有用。
由於不依賴於Java，Xournal可以方便地在Tablet PC和無Java環境的設備（如Nokia N800）上使用。
安裝：軟件中心就有此軟件，或者直接輸入以下命令。
sudo apt-get install xournal
PDF Editor（包名：pdfedit）是真正的PDF編輯軟件，提供了直接編輯PDF文件的功能，它也是免費的開源軟件。
PDF Editor可以在現有PDF文件上添加圖形、標注刪除線等，也可以修改PDF中的文字，但限制較多，對中文的支持也相當有限。這一軟件很多功能都是激動人心的，但穩定性有限。要達到真正實用的程度，也許還有很長的路要走。
