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Ubuntu Linux平台的GAMIT/GLOBK 10.35安裝詳解

日期:2017/2/28 16:25:46   编辑:Linux教程

Ubuntu系統平台的GAMIT/GLOBK 10.35安裝詳解(已在《全球定位系統》2009年第5期發表)

劉志廣,占 偉,孟憲剛

(中國地震局第一監測中心,天津300180)

摘 要: GAMIT/GLOBK是全球應用最廣泛的GPS數據分析軟件之一,多安裝於Linux操作系統。由於Linux版本眾多,使得該軟件的安裝很復雜。雖然介紹安裝方法的文章很多,但是實踐中仍會遇到很多問題。本文講述了以Ubuntu桌面版構建系統平台,在有網絡的支持下,安裝、更新最新版GAMIT/GLOBK10.35的詳細過程,並以實例檢驗安裝是否成功。

關鍵詞: GAMIT/GLOBK;Ubuntu;安裝;更新

中圖分類號:P228 文獻標志碼:A 文章編號:1008-9268(2009)05-0000-00

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本文要用到的GAMIT 10.35文件下載在Linux公社5 號FTP服務器

Linux公社(LinuxIDC.com) 5 號FTP服務器【關於GAMIT】資源浏覽查詢:

IP地址 ftp://www.linuxidc.com
端口 21
用戶 ftp5.linuxidc.com
密碼 www.linuxidc.com

具體下載方法見http://www.linuxidc.net/thread-1186-1-1.html 與 http://www.linuxidc.net/thread-1189-1-1.html

相關文章見 http://www.linuxidc.com/GAMIT/

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引 言

GAMIT/GLOBK是在美國國家科學基金會(NSF)的資助下,由美國麻省理工學院(MIT)、斯克裡普斯海洋研究所(SIO)以及哈佛大學(HU)共同開發的免費的、開源的GPS測量分析軟件,目的是應用於地殼形變研究。目前,這套軟件是全球應用最廣泛的GPS數據分析軟件之一。

GAMIT/GLOBK可以運行於所有UNIX及其衍生的(Linux、SCO UNIX、Solaris、HP-UX、AIX)操作系統中,甚至蘋果公司的MAC OSX系統中,但是需要gcc/g77、gcc/gfortran及Intel icc/ifort等編譯器的支持。最新的GAMIT/GLOBK10.35於2009年6月2日發布,在上面提到的系統中均測試通過。

Linux操作系統下GAMIT/GLOBK的安裝,就是一次源代碼的編譯。Linux版本眾多,各版本往往采用不同內核,所帶的編譯器也不盡相同。不同編譯器下,GAMIT/GLOBK的安裝與配置也不盡相同。這就導致GAMIT/GLOBK顯得十分復雜。並且隨著硬件技術和性能的不斷提升,新技術、新硬件的不斷出現,必然決定操作系統和軟件不斷更新、升級。這就需要操作系統具有很強的兼容性,才能保證軟件的可移植性。Ubuntu正是能夠滿足這種需求的系統。

1 Ubuntu簡介

Ubuntu(發音"oo-BOON-too"--“烏班圖”)是基於 Debian 之上的 Linux 系統。它囊括了大量從 Debian 發行版精挑細選的軟件包,同時保留了 Debian 強大的軟件包管理系統,使軟件的安裝或徹底刪除異常簡單。 

2008年4月21日發布的Ubuntu 8.04版(包括桌面版和服務器版以及它們的衍生版)使用linux2.6.24-19內核,可以自由訪問FAT16、FAT32及NTFS等Windows文件系統。系統自帶了gcc4.2.2編譯器,同時還支持gfortran4.2.2編譯器。而2009年4月20日最新發布的Ubuntu 9.04使用更強大、更穩定linux2.6.28-11內核,自帶了gcc4.3.3編譯器,支持gfortran4.3.3編譯器。

Ubuntu由馬克?捨特爾沃斯創立,其首個版本於2004年10月20日發布。在2005年於倫敦舉行的Linux世界論壇及會議(LinuxWorld Conference and Expo)上,Ubuntu被評為最佳Linux發行版。

2 系統要求

本文所指的系統要求是指保證GAMIT/GLOBK10.35可以正常安裝、使用所需要的全部系統配置要求,包括軟件和硬件兩個部分。由於筆者選用了Ubuntu 8.04/9.04操作系統,而該系統幾乎能夠支持當前所有硬件平台,因此,硬件要求已經滿足,軟件的要求更簡單、更具體。

2.1 gfortran4.2編譯器

GAMIT/GLOBK10.35的設計者推薦Linux系統使用gfortran4.2編譯器。同時,該編譯器也是安裝腳本(install_software)設定的默認編譯器。因為gcc/gfortran4.2及以上編譯器不需要你修改編譯器的“最大單元數(MAXUNIT)”。Ubuntu自帶了gcc編譯器,但卻不包含gfortran。這意味著你要安裝gfortran編譯器,或者指定gcc為你的編譯器。雖然設計者認為gcc4.3可能存在BUG,但是筆者在安裝和使用過程中並沒有發現任何問題。

2.2 libx11-dev軟件包

libx11-dev是X11(X Window)的客戶庫(X11 client-side library)。該軟件包包含了全部的X11應用編程接口(API)基本函數。其中,libX11.a和Xlib.h是GAMIT/GLOBK所必須依賴的兩個庫文件,主要是為Globk的提供圖形庫支持。Ubuntu的默認配置不包含該軟件包。

2.3 csh/tcsh(SHELL)

SHELL就是所謂的命令解譯器,俗稱“殼”。GAMIT/GLOBK的命令必須由csh或tcsh來解譯。Tcsh是csh的增強版,並且完全兼容csh。它不但具有csh的全部功能,還具有命令行編輯、拼寫校正、可編程字符集、歷史紀錄、作業控制等功能,以及C語言風格的語法結構。筆者建議使用tcsh,但是,Ubuntu的默認配置不包含任何C SHELL。

2.4 FTP軟件

用來傳輸數據的GAMIT殼腳本(包括sh_get_nav, sh_get_rinex, sh_get_orbits, 和 sh_get_hfiles)需要用到FTP軟件下載數據。因此,你的系統中必須具備與GAMIT殼腳本兼容的FTP軟件。否則,你必須將你系統中的FTP軟件連接到/usr/lib/ftp。

筆者使用which ftp命令確定了系統中存在/usr/bin/ftp鏈接指向 /etc/alternatives/ftp鏈接,再指向/usr/bin/netkit-ftp,這說明Ubuntu系統中使用netkit-ftp為默認的FTP工具。但為了增強兼容性,Ubuntu又分別在/usr/bin/和/etc/alternatives/目錄建立了兩個鏈接。

GAMIT還支持NCFTP和WGET兩種FTP軟件。Ubuntu自帶了WGET,但沒有預裝NCFTP。如果你想使用NCFTP,可以通過“apt-get install ncftp”命令安裝它。

2.5 awk、tail 和ls

awk是一個強大的用於處理文本的編程語言工具;tail用於顯示文件結尾;ls用於顯示目錄內容。GAMIT/GLOBK的殼腳本借住這三個工具完成文件的生成、編輯、存儲及目錄、文件信息的獲取。用戶在進行數據的批處理時,這三個工具也很重要。

筆者使用which命令確定了Ubuntu系統中使用了mawk,並為其作了與 netkit-ftp相同的的處理。tail 和ls工具使用了Linux傳統的版本,因此不存在兼容問題。

2.6 gzip和gunzip

遵從Linux的現行慣例,sh_gamit殼腳本現在使用gzip和gunzip而不是compress和uncompress來壓縮和加壓縮文件。Ubuntu已經自帶了這兩個軟件,並且與GAMIT/GLOBK兼容。

2.7 GMT(Generic Mapping Tools)

GMT是在美國國家科學基金會的資助下,由夏威夷大學開發的免費的、開源的繪圖工具。它包含了全球的海岸線、國界、河流等地圖數據,被地理學界廣泛使用。GAMIT/GLOBK殼腳本調用GMT生成處理結果的圖表文件。

2.9 TEQC

TEQC讀作“tek”,是由美國UNAVCO Facility開發的GPS數據預處理軟件,功能包括“translation, editing, and quality check”(TEQC為其首字母縮寫),即GPS數據的格式轉換、編輯和質量檢查。sh_make_rinex殼腳本調用TEQC將各種原始數據轉換成RINEX格式的數據。TEQC可以從UNAVCO Facility的官方網站免費下載。目前提供給Linux系統使用的TEQC包括64位動態和32位靜態、動態三個版本。

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