1. OpenJDK
Fedora 9包括了OpenJDK 6， 一個自由軟件實現的 Java平台標准版本。OpenJDK 6 尚未獲得 Java 兼容性認證（驗證工作正在進行中）。
Fedora將跟蹤Sun的穩定版OpenJDK6分支
2. OpenJDK 代替 IcedTea
The OpenJDK 6 軟件包， java-1.6.0-openjdk* 代替原來的IcedTea。相關部分, java-1.7.0-icedtea*。Fedora 8 IcedTea 軟件包跟蹤不穩定的OpenJDK 7分支, 然而java-1.6.0-openjdk* 軟件包跟蹤穩定的OpenJDK 6分支。用OpenJDK 6代替IcedTea的決定是由於一些原因：
Sun 已經去除了大部分阻礙軟件進入 Fedora 的限制。其他一些障礙則通過合並IcedTea 項目中的代碼來完成。
IcedTea的指令將被盡可能地合並到OpenJDK中，這樣IcedTea和OpenJDK之間的差異將隨著時間而消失。
OpenJDK6是一個穩定的分支，然而OpenJDK7是不穩定的，並且在2009年前不指望成為穩定版本。
Sun已經許可OpenJDK商標被Fedora使用。
同時帶上OpenJDK 6和IcedTea將產生沖突，並且增加了發行版的大小。
IcedTea繼續為自動化工具提供支持(autoconf , automake , libtool 等)，一個為PowerPC和64位PowerPC體系的可移植解釋器，插件支持，Web Start支持，和補丁到Fedora中集成的OpenJDK。IcedTea源被包括在java-1.6.0-openjdk SRPM中。
如果IcedTea已經安裝，軟件包不會進行自動轉換。基於OpenJDK 7的IcedTea的相關軟件包必須首先被刪除，然後安裝新的OpenJDK 6軟件包。
su -c "yum erase java-1.7.0-icedtea{,-plugin}"
su -c "yum install java-1.6.0-openjdk{,-plugin}"
3. 運行 Java 小程序
主流的 OpenJDK 沒有提供 Java 插件。Fedora 的 OpenJDK 軟件包提供一個名為gcjwebplugin 的程序以在浏覽器中運行不受信的 Java 小程序。這個插件被打包為 java-1.6.0-openjdk-plugin。
gcjwebplugin 不支持尚未支持二進制到 Javascript 通信，依賴於這個特性的小程序無法運行。體驗性的支持在 IcedTea 代碼中被提供，但是不夠成熟，沒有部署到 Fedora。
gcjwebplugin 不支持尚未支持簽名的小程序，依賴於簽名的小程序也會以未受信的模式運行。體驗性的支持在 IcedTea 代碼中被提供，但是不夠成熟，沒有部署到 Fedora。
gcjwebplugin 安全策略可能過於嚴格。要啟用受限小程序，在終端下運行 firefox -g，查看被限制的內容，然後在 /usr/lib/jvm/java-1.6.0-openjdk-1.6.0.0/jre/lib/security/java.policy 文件中授予權限。
4. 處理Web Start應用
OpenJDK不提供Web Start的支持。實驗性的通過NetX支持的Web Start現在在IcedTea倉庫中，但不准備在Fedora中開發。
16.5. Fedora 與 JPackage
Fedora 包含很多來自 JPackage Project 的軟件包。其中一些軟件在被包括到 Fedora 中時被修改，以避免依賴於專有軟件，並利用 GCJ 的先進的編譯功能。使用 Fedora 倉庫來更新這些軟件包。使用 JPackage 倉庫更新其他 Fedora 未提供的軟件包。請參考 JPackage 網站 http://jpackage.org 有關網站和它提供的軟件包的信息。
在這個版本中，原來的Fedora和JPackage jpackage-utils軟件包間的不兼容問題已經解決了，這個不兼容是為了防止安裝JPackage的jpackage-utils軟件包。
混合 Fedora 和 JPackage 的軟件包
在相同系統中安裝 Fedora 和 JPackage 倉庫的軟件包前要查明軟件包相容性。不相容的軟件包會造成復雜的問題。
