所有的操作系統都會產生磁盤碎片。這個碎片在官方資料中稱為內部碎片。它是這樣產生的，假設一個磁盤的空間有20k，它的基本存儲單位為簇，設有兩個文件，一個7k，一個1k。當簇的大小為4k時，磁盤分為了5個簇，兩個文件共占用３個簇，即使用了12k，其中浪費地空間就是4k，也就是產生了內部碎片4k。因此：內部碎片主要是造成磁盤空間的浪費。請注意：windows的磁盤碎片整理功能所整理的碎片不是這個碎片，也無法對這個碎片進行操作，它所對應的碎片概念是外部碎片。
那麼，可以對內部碎片進行優化處理嗎？答案是肯定的。以上面的例子來說，如果把每一簇分成2k，那麼20k的磁盤就分為了10個簇，7k和1k兩個文件共占用了5個簇，10k的空間，浪費的空間，即內部碎片為2k。
由此可見，簇分的越小，所浪費的空間越少。這也是NTFS比FAT32優秀的一個地方。在Win 2000的FAT32文件系統的情況下,分區大小在2GB～8GB時簇的大小為4KB；分區大小在8GB～16GB時簇的大小為8KB；分區大小在 16GB～32GB時,簇的大小則達到了16KB。而Win 2000的NTFS文件系統，當分區的大小在2GB以下時,簇的大小都比相應的FAT32簇小;當分區的大小在2GB以上時(2GB～2TB),簇的大小都為4KB。相比之下，NTFS可以比FAT32更有效地管理磁盤空間，最大限度地避免了磁盤空間的浪費。
那麼為什麼文件系統不是把簇分的非常的小呢？這裡就引出了另一個問題，文件訪問查找的問題。還是以上面的例子說明，當我們要查找使用一個文件時，就需要通過頁表來進行訪問。打個比方，你住的地方就好比是文件所占用的簇，但是要找到你，就得通過你的住址來進行訪問，而訪問文件則是通過文件分配表。如果住的人多，地址也就很多，那麼要查到你住的地址所花的時間也就很多。同樣的道理，當簇分的越小，記錄簇的地址也就越大，查找文件所在的簇所花的時間也就越多。當簇為4k時，簇的地址是５個，而簇為2k時，簇的地址是10個。因而簇的大小是在空間和時間上取得平衡的一個結果。
這裡也對另一個問題作一些提示，有些第三方分區軟件可以自定義簇的大小，建議采用默認值，否則會在某些情況下產生一些問題。
