Unix系統的歷史漫長而曲折，它的第一個版本是1969年由KeThompson在AT&T貝爾實驗室實現的，運行在一台DECPDP-7計算機上。這個版本實現了一個文件系統、一個命令解釋器(shell)和一些簡單的文件工具。
Ken和他的伙伴們使用GE系統來為PDP-7進行交叉編譯，很快寫好了匯編器，使系統有了自支持的能力。這個系統已基本成型，其文件系統與現在的文件系統相似，它使用i結點，有特殊文件類型支持目錄和設備，而且可以同時支持兩個用戶。
與當時的一個名為MULTICS(MULTiplexed Information and Computing System)的操作系統相比，Unix系統顯得異常短小精悍，它曾被玩笑地稱作"UNICS",代表 UNiplexed Information and Computing System. 有人稱 MULTICS 代表 "Many Unneccessarily Large Tables In Core Simulataneously",而Unix則是裁減了的MULTICS，不久，UNICS變成了Unix系統而且被流傳下來。
1970年，Unix系統被移植到PDP-11/20上，這需要很大的工作量，因為整個系統全是用匯編語言編寫的。
C語言的誕生給系統設計帶來了新的契機, Ken Thompson和Dennis Ritchie使用C語言對整個系統進行了再加工和編寫，使得Unix能夠很容易的移植到其他硬件的計算機上。從那以後，Unix系統開始了令人矚目的發展。由於此時AT&T還沒有把Unix作為它的正式商品，因此研究人員只是在實驗室內部使用並完善它。
正是由於Unix系統是被作為研究項目，其他科研機構和大學的計算機研究人員也希望能得到這個系統，以便進行自己的研究。AT&T以分發許可證的方法，對Unix僅僅收取很少的費用，大學和研究機構就能獲得Unix的源代碼以進行研究。
Unix的源代碼被散發到各個大學，一方面使得科研人員能夠根據需要改進系統，或者將其移植到其他的硬件環境中去，另一方面培養了懂得Unix使用和編程的大量的學生，這使得Unix的普及更為廣泛。
由於操作系統的開發相當困難，只有少數的計算機廠商，如IBM、Digital等大型公司，才擁有自己的操作系統，而其他眾多生產計算機的硬件廠商則采用別人開發的操作系統。因為Unix系統不需要太多的花費，因此很多廠商就選擇了Unix作為他們生產的計算機使用的操作系統。他們把Unix移植到自己的硬件環境下，而不必從頭開發一個操作系統。
到了70年代中後期，在Unix系統發展到了版本6之後，AT&T認識到了Unix的價值，成立了Unix系統實驗室（Unix System Lab,USL）來繼續發展Unix。因此AT&T一方面繼續發展內部使用的Unix版本7，一方面由USL開發對外正式發行的Unix版本，同時AT&T也宣布對Unix產品擁有所有權。
幾乎在同時，加州大學伯克利分校計算機系統研究小組（CSRG）使用Unix系統對操作系統進行研究，因此他們的研究成果就反映在他們使用的Unix中。
他們對Unix的改進相當多，增加了很多當時非常先進的特性，包括更好的內存管理，快速且健壯的文件系統等，大部分原有的源代碼都被 重新寫過，以支持這些新特性。很多其他Unix使用者，包括其他大學和商業機構，都希望能得到CSRG改進的Unix系統。
因此CSRG中的研究人員把他們的Unix組成一個完整的Unix系統──BSD Unix（Berkeley Software Distribution），向外發行。到此，Unix就有了一個大的分支，分為AT&T Unix 和 BSD Unix，現代的Unix版本大部分都是這兩個版本的衍生產品。
