"文件"是一組信息的集合。例如，備忘錄或報告的文本信息、一組銷售數據、一張圖片、一首歌曲或者一個可執行程序。每個文件都以一個唯一的名字存放在存儲設備上（如硬盤）。Linux以目錄結構的方式組織文件，這裡的目錄類似於文件夾、文件櫃。每個目錄都具有一個名字，它可包含其他的文件和目錄。目錄按照一定的順序組織在其他目錄之下，形成了一種樹狀的組織形式。這種結構可使用戶通過將相關文件放到一個目錄下，實現對大量文件的管理。每個用戶均擁有一個主目錄，根據需要可在該目錄下建立更多的子目錄，如圖1-2所示。
圖1-2 Linux文件系統結構
標准為了便於系統管理和軟件開發，一些人通過網絡組織在一起，開發了Linux文件系統標准（FilesystemStandard，FSSTND），該標准逐漸演化為文件系統層次標准（FilesystemHierarchyStandard，FHS）。在采用這種標准之前，關鍵程序在不同的Linux發行版中所處的位置不同。現在，在裝有Linux系統的機器上，很容易就可找到所需的標准程序。
鏈接Linux文件系統提供了鏈接機制，該機制使得一個給定的文件可以通過兩個或多個不同的名字訪問。鏈接文件與原來的文件可在相同的目錄下，也可在不同的目錄下。"鏈接"機制使得同一個文件可出現在不同的用戶目錄中，這使得用戶之間能夠方便地進行文件共享。Windows用戶使用術語快捷方式代替鏈接來描述這種功能。Macintosh用戶會更熟悉別名（alias）這一術語。在Linux下，別名不同於鏈接；別名是shell提供的一個命令宏特性。
安全與大部分多用戶操作系統類似，Linux允許用戶對各自的數據進行保護，以防止其他用戶的訪問。Linux也允許用戶通過一種簡單而有效的保護措施來與其他一些用戶共享選定的數據和程序。這個安全級別可通過文件的訪問權限來設定，其中文件的訪問權限包括讀、寫和執行。最近，Linux內核已經加入了訪問控制列表（AccessControlList，ACL），該表使用戶和管理者可對文件訪問權限進行較細粒度的控制。
