Biopython是Python的計算分子生物學和生物信息學工具包，它使得python在生物學數據處理中變得更加強大和高效，在Windows中安裝biopython非常簡單，下載之後，雙擊然後一路點下一步就可以了。在Linux中安裝有多種方法，以Ubuntu(10.04)為例：
方法一：使用apt-get install方式安裝
sudo apt-get install python-biopython
只有一行命令，可是這種方法安裝的不是最新版本，很多新的功能不能用，非常不爽，不建議使用這種方法安裝。
方法二：使用easy_install安裝
（1）安裝python-dev，不然會出現Setup script exited with error: command ‘gcc’ failed with exit status 1錯誤
sudo apt-get install python-dev
（2）安裝easy_install工具
sudo apt-get install python-setuptools
（3）安裝biopython
sudo easy_install -f http://biopython.org/DIST/ biopython (DIST/和biopython之間有個空格)
（4） 安裝Numpy
從http://numpy.scipy.org/下載numpy，現在的最新版本是numpy-1.6.1.tar.gz
tar -xzvpf numpy-1.6.1.tar.gz
cd numpy-1.6.1/
python setup.py build
sudo python setup.py install
還可以繼續安裝一些其它的dependencies，如flex，ReportLab等等，暫時不裝，需要的時候再裝也可以。
（4）改為
Download Numpy1.6.1 and unpack it; using the following commands:
wget http://sourceforge.net/projects/numpy/files/NumPy/1.6.1/numpy-1.6.1.tar.gz
tar -zxvf numpy-1.6.1.tar.gz
If the environment variable PYTHONPATH happens to be set, unset it (you may set it again after installing Numpy):
unset PYTHONPATH
The command that unpacks NumPy1.6.1 will have created a directory called "numpy1.6.1". Enter that directory and build the Numpy package with the help of the fortran compiler:
cd numpy-1.6.1/
python3.2 setup.py build --fcompiler=gnu95
