默認配置下，Linux Gnome 桌面環境下會有三個頂級下拉菜單作為應用程序和系統工具的快捷入口（後綴為 desktop 的文件，該類型的文件有固定的格式，具體格式可以參考下面列出的目錄中的文件和參考中給出的鏈接指向的文章），這三個菜單分別是：應用程序，位置，系統。“應用程序”菜單下是按類別分組的應用程序的快捷入口，“位置“菜單下是用戶目錄和其他已掛載或者可掛載的分區，“系統"目菜單下則是用戶配置工具和系統配置工具的快捷入口。
通常情況下，用戶安裝的應用程序，一般都會在這三個頂級菜單下的某個分類裡創建對應的應用程序快捷入口，但凡事總有個例外，更何況各個linux發行版本身也可能會對 gnome 做一些調整，desktop 文件以及字符編碼格式，甚至 desktop 文件中指定的應用程序圖標不存在等諸多原因，導致安裝的程序創建的菜單無法正常顯示也就不算奇怪了。
以 Ubuntu 10.04 LTS amd64 位版本為例，保存應用程序快捷入口的位置，大致有下面兩個：
;保存用戶的應用程序快捷入口
~/.local/share/applications
;保存全局的應用程序快捷入口
/usr/share/applications
以 root 權限安裝的程序，其快捷入口大多創建在 /usr/share/applications 目錄下，也可以創建在 ~/.local/share/applications 目錄，而以用戶權限安裝的程序，則只能將快捷入口創建在 ~/.local/share/applications 目錄下。【ＬＩＮＵＸ公社 www.LinuxIDC.com 】
使用 系統-首選項-主菜單 工具（程序名為 alacarte）創建的應用程序的快捷入口，創建在 ~/.local/share/applications 目錄下，並默認以 alacarte-made[-X].desktop 的格式命名，其中 X 是數字，用戶可以隨後重命名這個文件，菜單上顯示的內容不會改變。而在 主菜單 工具中刪除的快捷入口，也不會真的刪除對應的 desktop 文件，而只是將對應文件中的 Hide 字段的值改為 true。
知道了這些，如果再有某個快捷入口顯示不正常，也就大致能知道在哪裡找到對應的文件，再比對其他正常的文件，就能修改錯誤，讓菜單顯示正常了。
除了上面存儲應用程序快捷入口的兩個目錄，還有幾個文件用於存儲指定類型文件的默認的打開程序，即文件關聯程序，這幾個文件分別是 /etc/gnome/defaults.list, /usr/share/applications/defaults.list, /usr/share/applications/mimeinfo.cache, ~/.local/share/applications/mimeapps.list, ~/.local/share/applications/mimeinfo.cache。前面三個文件保存全局設置，後面兩個保存用戶設置。如果要修改某個類型文件的關聯程序，可以通過直接修改這幾個文件的方式實現。
