只能簡單地講一下，本人對於linux kernel運行的實際情況也是一知半解，不敢胡說，只能講講軟件安裝的一點東西，下面講錯的還請兄弟們指正。
在linux內核的外面包著一個外殼──shell，用戶通過shell來和linux kernel進行交互。要注意的是，shell也是一個程序，而且是一個提供交互界面的程序，也就是說它能夠接受用戶鍵入的命令，並且處理命令。對於各種發行版而言，有不同的shell程序，一般有bash，csh等等。linux默認使用bash。關於shell的知識，你可以看看shell版的精華貼。
就軟件的安裝而言，首先要理解在linux下所有的東西都是以“文件”的形式表示的，那些可以運行的程序有2種，一種是腳本文件，腳本文件由解釋程序執行，一般有shell腳本、perl腳本、python腳本等等。另一種是二進制文件，也就是經過編譯器編譯、聯接形成的只有0和1組成的文件（計算機只運行0和1組成的程序），c、java等程序都是這種程序。總之，所有的東西都是以“文件”的形式存在。因此，只要某個程序所需要的全部“文件”都存在於正確的位置上，那麼這個程序就可以運行。（這個現象在windows下是不全部適用的，如果你復制某個缺少的文件到windows的系統目錄，並不一定能使你需要的程序運行起來。）對程序而言，還有一些是以純文本形式存在的配置文件，用戶可以通過定制配置文件來控制程序的運行結果等等。
因此，linux下安裝程序其實是一個很簡單的過程。第一種方法，是用編譯源代碼的方式安裝，在gentoo中這種方式接觸的最多。它是在本地進行編譯，然後把編譯好的文件安放到正確的位置上。
