文件系統與目錄樹
在dos-windows體系中，每個磁盤或硬盤分區有獨立的根目錄，並且用唯一的驅動器標識符表示，如A:，C:等。
而linux的文件系統則不一樣，它采用了一種虛擬文件系統技術，使不同的磁盤和分區組合成一個整體。單個磁盤或硬盤分區構成單獨的文件系統（可以是fat、NTFS等等格式的），有其各自的目錄樹結構。但是，在操作系統能夠使用這些文件系統之前，必須通過稱為“掛裝”的操作將單獨的文件系統附加到虛擬文件系統的某一個子目錄上——也就是說這個子目錄就是實際文件系統的根，通過訪問這個子目錄來訪問該分區或磁盤。如此操作，最終可使所有的文件系統結合成一個無縫的統一整體，組織到一個大的樹型目錄結構中。該目錄樹的頂部是一個單獨的根目錄，名為root，用/表示。根目錄下是一些標准的子目錄和文件。
在文件系統模型中，仍然體現了linux的設計哲學，即將不同的文件系統組合成一個有機的整體，進而為用戶提供一致的文件系統結構。
對大多數Linux發行版本而言，文件系統的目錄樹布局遵循FSSTND標准，這有利於編寫或移植軟件，同時也有利於進行系統管理和維護。
完整的目錄樹可劃分為小的部分，這些小部分又可以單獨的存放在自己的磁盤或者分區上。這樣相對穩定的部分和經常變化的部分可以單獨放在不同的分區裡，從而方便了備份和系統管理。目錄樹的主要部分有root（/）、/usr、/var、/home等等。下面是一個典型的linux目錄結構如下：
/ 根目錄
/bin 存放必要的命令
/boot 存放內核以及啟動所需的文件等
/dev 存放設備文件
/etc 存放系統的配置文件
/home 用戶文件的主目錄，用戶數據存放在其主目錄中
/lib 存放必要的運行庫
/mnt 存放臨時的映射文件系統，我們常把軟驅和光驅掛裝在這裡的floppy和cdrom子目錄下。
/proc 存放存儲進程和系統信息
/root 超級用戶的主目錄
/sbin 存放系統管理程序
/tmp 存放臨時文件的目錄
/usr 包含了一般不需要修改的應用程序，命令程序文件、程序庫、手冊和其它文檔。
/var 包含系統產生的經常變化的文件，例如打印機、郵件、新聞等假脫機目錄、日志文件、格式化後的手冊頁以及一些應用程序的數據文件等等。建議單獨的放在一個分區。
典型的/usr目錄如下：
/X11R6 存放X window系統
/bin 存放增加的用戶程序
/dict 存放字典
/doc 存放追加的文檔
/etc 存放設置文件
/games 存放游戲和教學文件
/include 存放C開發工具的頭文件
/info 存放GNU信息文件
/lib 存放庫文件
/local 存放本地產生的增加的應用程序
/man 存放在線幫助文件
/sbin 存放增加的管理程序
/share 存放結構獨立的數據
/src 存放程序的源代碼
由於/usr中的文件不和特定的計算機相關，也不會在通常使用中修改，因此可以通過網絡共享這個目錄（文件系統），這樣，當管理員安裝了新的軟件之後，所有共享這一文件系統的計算機均可以使用新的軟件。
